Este contenido se basa en el proyecto de resolución publicado el 9 de julio de 2026 por el Ministerio de Salud. No ha sido firmado ni publicado en el Diario Oficial. Su texto puede modificarse antes de la versión definitiva. Auditamerica publicará una actualización en cuanto entre en vigor.
¿Qué es este proyecto y por qué es la actualización más importante desde 2019?
La Resolución 3100 de 2019 es la norma madre del Sistema Único de Habilitación (SUH): define qué condiciones debe cumplir una IPS, un profesional independiente, una empresa de transporte de pacientes o cualquier prestador de servicios de salud para inscribirse en el REPS y operar legalmente en Colombia.
Desde su publicación, la Res. 3100/2019 ha sido modificada en varias ocasiones — por las Resoluciones 544 de 2023 y 465 de 2025 — generando lo que el propio Ministerio llama "dispersión normativa": múltiples actos administrativos que los prestadores, las Secretarías de Salud y los entes de control deben leer en conjunto para saber qué aplica. El nuevo proyecto busca compilar todo en un solo cuerpo normativo actualizado.
Además, recoge los resultados de mesas de trabajo realizadas entre septiembre de 2024 y abril de 2025 con agremiaciones, sociedades científicas y representantes de la academia, y los insumos técnicos de diez departamentos (Antioquia, Boyacá, Caldas, Casanare, Chocó, Guainía, Huila, Meta, Risaralda y Valle del Cauca) que documentaron barreras estructurales para cumplir los estándares actuales en territorios rurales y dispersos.
¿Qué normas deroga el proyecto?
Si se aprueba tal como está redactado, este proyecto derogaría:
- Resolución 3100 de 2019 — norma base del SUH vigente
- Resolución 544 de 2023 — modificación de la Res. 3100
- Resolución 465 de 2025 — modificación de la Res. 3100
- Resolución 077 de 2007 — lineamientos para formación de verificadores de condiciones de habilitación
Todo quedaría integrado en la nueva resolución y en un nuevo Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud (Tomos I y II), que se publicará en la página web del Ministerio.
Principales cambios del proyecto
1. Tres condiciones de habilitación — sin cambios de fondo
El proyecto mantiene las tres condiciones que toda IPS debe cumplir para operar (Art. 3):
- Capacidad técnico-administrativa: aplica a IPS, entidades con objeto social diferente y transporte especial de pacientes.
- Suficiencia patrimonial y financiera: aplica a IPS y transporte especial de pacientes.
- Capacidad tecnológica y científica: aplica a todos los tipos de prestadores.
Se aclara expresamente que ninguna autoridad podrá exigir condiciones adicionales a las del Manual en el proceso de habilitación.
2. Nuevos plazos para la Secretaría de Salud en el trámite de inscripción
La Secretaría de Salud Departamental o Distrital tendrá máximo 15 días calendario para procesar una solicitud de inscripción. Si vence este plazo sin respuesta y el servicio no requiere visita previa, el REPS generará automáticamente la inscripción y la constancia de habilitación. Esto protege al prestador frente a demoras institucionales.
3. Vigencia y renovación de la inscripción
La inscripción inicial tendrá vigencia de cinco (5) años. Las renovaciones posteriores serán anuales, mediante autoevaluación en el REPS antes de cada vencimiento. Si la inscripción se inactiva y el prestador desea reactivarse, la vigencia será de un año — con sus renovaciones también anuales.
4. Cierre temporal de servicios: máximo 6 meses
El prestador podrá reportar el cierre temporal de uno o más servicios hasta por 6 meses. Vencido ese plazo sin reactivación, el servicio se inactiva automáticamente. Para servicios de urgencias, atención del parto, hospitalización pediátrica o cuidado intensivo, el cierre temporal debe informarse a la Secretaría de Salud y a las EPS con contrato vigente con al menos 2 meses de antelación.
5. Visitas de verificación: qué servicios las requieren
Se mantiene la visita previa obligatoria para servicios de alta complejidad, urgencias, oncología, atención del parto y transporte asistencial. Las IPS acreditadas quedan exentas de visitas de certificación rutinarias durante la vigencia de su acreditación, salvo que vayan a habilitar alguno de estos servicios de alta complejidad.
6. Gratuidad confirmada
El proyecto ratifica en el Art. 24 que las Secretarías de Salud no podrán cobrar ningún valor por inscripción, habilitación, visitas, certificaciones, registro de novedades ni cualquier otra actuación relacionada con el proceso de habilitación.
7. Procedimientos de REPS de forma electrónica
El Ministerio implementará de manera progresiva los trámites de inscripción, habilitación y novedades completamente en línea, conforme a los avances del aplicativo REPS y la conectividad disponible en los territorios.
Criterios diferenciales para municipios con condiciones especiales
Esta es la sección más novedosa del proyecto. Reconociendo que muchos prestadores del país no pueden cumplir los estándares generales por barreras estructurales, el proyecto introduce un régimen diferencial para municipios con condiciones especiales (rurales dispersos, con baja conectividad, con limitaciones de talento humano o infraestructura, con presencia de comunidades étnicas).
Los prestadores ubicados en estos municipios que soliciten el reconocimiento ante la Secretaría de Salud Departamental podrán acogerse a un plan de adecuación progresiva de hasta 4 años, que debe contener como mínimo:
- Diagnóstico de brechas frente a los estándares de habilitación
- Objetivos de mejoramiento progresivo con metas anuales verificables
- Cronograma de implementación
- Estrategias de fortalecimiento en infraestructura, talento humano y dotación
- Fuentes de financiación o mecanismos de sostenibilidad
- Indicadores de seguimiento y evaluación
La Secretaría tendrá 15 días calendario para pronunciarse sobre la solicitud de reconocimiento como municipio con condición especial. Las IPS de estas zonas que deban cerrar un servicio por incumplimiento tendrán garantía de continuidad a través de la red de referencia y contrarreferencia dentro de los 5 días calendarios siguientes al cierre.
Período de transición: 12 meses para adaptarse
El Art. 34 del proyecto establece que los prestadores actualmente habilitados tendrán 12 meses contados desde la entrada en vigencia para adaptar sus condiciones al nuevo marco normativo. Durante ese período:
- Pueden continuar cumpliendo la Res. 3100/2019 como está.
- Pueden acogerse voluntariamente y de manera anticipada a la nueva resolución, informando la decisión a la Secretaría de Salud.
- Las Secretarías deberán brindar asistencia técnica y acompañamiento durante todo el período de transición.
¿Qué debe hacer su IPS ahora?
Aunque el proyecto no está vigente, hay acciones concretas que puede tomar hoy:
- Leer el proyecto completo — disponible en PDF al final de este artículo. Identifique qué artículos impactan directamente a sus servicios habilitados.
- Comparar con su estado actual en REPS — verifique si sus servicios cumplen las condiciones que menciona el nuevo Manual (Tomos I y II, una vez publicados).
- Evaluar si aplica al régimen de condiciones especiales — si opera en municipios rurales o dispersos, identifique si puede acceder a un plan de adecuación progresiva de 4 años.
- Preparar su equipo de calidad — los cambios en estándares de talento humano y los nuevos procedimientos de autoevaluación requieren capacitación anticipada.
- Consultar con un asesor especializado — Auditamerica hace el análisis de brechas específico para su IPS frente al nuevo marco, y acompaña el proceso de adecuación.
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